El 14 de enero de 1945, un grupo de personas decidió formar un club llamado "Almirante Guillermo Brown". José Ramón Furnillo, el primer Presidente de la institución, lo propuso porque él era jefe de Subprefectura de Puerto Madryn y su referente era este marino. La primera Comisión Directiva quedó conformada por los siguientes nombres: Presidente: José Furnillo; Vicepresidente: Dr. Roberto Buzzi; Secretario: José Arsenio Carranza; Pro Secretario: José Pallardo; Tesorero: Paulino Mangani.
Luego de su fundación se unió a la Liga de Fútbol Valle del Chubut y, a los dos años de incorporarse, logró su primer título oficial, en 1947. Repitió esta conquista en 1954, y en 1962 obtuvo el Preparación, igual que en 1963. En 1967 festejó en ambos certámenes, el preparación y el oficial, y hasta la década del '90 no volvió a celebrar un título local.
En mayo de 2011, La Banda del Sur ascendió por primera vez en su historia a la Primera B Nacional, categoría en la que militó por una temporada.