Surgió del club de su ciudad, Sarmiento de Leones, Córdoba, donde debutó en 1999. Luego, su carrera siguió en Almirante Brown de Arrecifes, Luján, Defensores de Belgrano, y Defensa y Justicia, todos en el Ascenso. En el año 2006 llegó a Estudiantes de Caseros, donde ganó el Apertura 2006 de Primera B y además en la temporada 2007/2008 logró ser el máximo anotador de la categoría con 32 tantos.
Después de pasar por Los Andes en la Primera B Nacional, Juan Martín pasó a jugar por segunda vez en Defensa y Justicia. Sus grandes actuaciones en el equipo de Varela le valieron para pasar al Olympiakos y al Volou Kerkyra de Grecia, sus únicas experiencias en Europa. Su carrera siguió en Belgrano, donde pudo jugar en Primera División: su debut fue muy recordado porque, por la expulsión de Juan Carlos Olave ante River, ocupó el puesto de arquero por diez minutos y fue clave para mantener el 2-1 a favor. Del Pirata se fue a otro grande de Córdoba: pasó a Instituto, donde volvió a consagrase como top scorer gracias a haber convertido en 14 ocasiones. Una nueva etapa en Estudiantes de Buenos Aires y Douglas Haig fueron los clubes donde estuvo antes de llegar, para este campeonato, a Barracas Central.
Pedido especialmente por el técnico de Barracas, Fabián Nardozza, Juan Martín pagó con goles la confianza del entrenador hasta ubicarse en lo más alto de la tabla de anotadores al finalizar la primera rueda del campeonato. Recién en la cuarta fecha, en el Bajo Belgrano, pudo debutar en la red: fue el autor del gol del empate ante Defensores. Y luego no paró: le marcó a Tristán Suárez, Acassuso, Colegiales, Deportivo Morón, Excursionistas, Deportivo Español, Estudiantes, Villa San Carlos, UAI Urquiza y Fénix (2). Once gritos para mantener vivo el sueño de Barracas de ser Nacional…